圣裘德儿童研究医院的科学家描述了导致最常见儿童癌症急性淋巴细胞白血病 (ALL) 亚型之间差异的基因调控网络。这项工作在一组患者样本中检查了染色质(压缩 DNA 的包装)，其数量是之前任何研究的六倍。这些结果可以作为宝贵的资源，帮助我们更好地了解患者结果不同的原因并最终改进治疗。研究结果发表在今天的《细胞基因组学》杂志上。

“我们想了解所有亚型在基因组水平上如何彼此不同，并回答这个问题，是什么使白血病细胞成为白血病细胞而不是健康细胞?”圣裘德药学和制药科学系通讯作者 Daniel Savic 博士说道。“为此，我们绘制了控制基因表达并有助于患者肿瘤细胞中基因调控网络形成的非编码分子开关的活性，并将它们与健康细胞进行比较。”

大多数癌症研究都集中在基因组“编码”部分发生的突变，即包含基因的人类 DNA 的不到 2%。然而，占剩余 98% 的“非编码”基因组部分也很重要，并且包含控制基因表达方式和时间的指令。先前的研究表明，影响非编码基因组部分的蛋白质破坏在几种类型的癌症中普遍存在。

因此，圣裘德研究小组检查了非编码基因组，以了解是什么使癌细胞成为癌细胞。为此，科学家们测量了染色质的可及性，染色质是细胞核中压缩 DNA 的包装。这决定了特定癌细胞中哪些 DNA 片段可供读取。这些可供癌细胞使用的 DNA 指令和基因(称为基因调控网络)是了解癌症身份及其潜在弱点的关键。

“ALL 的某些亚型对当前的治疗反应不佳，在许多情况下，我们不明白为什么，”Savic 补充道。“该资源可用于识别在这些异质治疗反应中发挥作用的潜在基因调控差异。通过考虑基因调控网络的这些改变，将来我们理论上可以修改或生成疗法来更有效地治疗每种亚型”。